Arrhythmia
Bioinformatics Central Databank (ABCD)
Alapítók
BIK Kardiológiai Osztály: orvosi háttér, aritmia kutató központ,,
ArguScan Kft.: mérnöki háttér, kardiológiai műszer és aritmia analizátor fejlesztés,
Magyar Bioinformatikai Intézet Kft.
: bioinformatikai háttér, adatbázis és web-felület fejlesztés,
Előzmény
Jelentős
kutató orvosi igény jelentkezett a statisztikai módszereken alapuló aritmia kutatások
eszközei iránt. Ezen kutatások jelenleg speciális céllal gyűjtött (EMIAT, MPIP,
ATRAMI, …) korlátozottan hozzáférhető adatbázisok feldolgozásán alapulnak.
Az
aritmiát érintő genomikai kutatások eredményi jelenleg csak külön bioinformatikai
háttérrel érhetőek el.
Célok
Az
ABCD alkotói szükségesnek ítélték létrehozni egy széles körben hozzáférhető, nem
specifikus, 24 órás EKG felvételekből álló, folyamatosan bővülő adatbank létrehozását
az aritmia kutatások lehetőségeinek kiszélesítésére, demokratizálására.
Az
ABCD központtal és a hozzá kapcsolódó eszközökkel komplex szolgáltatást (tanácsadás,
archiválás, kutatási témacsoportok) kívánunk nyújtani a csatlakozó felhasználók
részére.
Annak érdekében, hogy az ABCD
egy folyamatosan bővülő, nagy elemszámú, széles időintervallumot átfogó adatokat
tartalmazó kutatási központ legyen, a felhasználókat érdekelté kívánjuk tenni
a bővítéséhez szükséges gyűjtési funkcióban "adatot adatért" elv alapján.
Az
ABCD - az aritmia annotációk mellett - genomikai marker (Single Nucleotide Polymorphism
- SNP) segítségével lehetőséget kíván adni a kutató kardiológusoknak, hogy a vizsgált
aritmia esetekhez megkapják a kapcsolódó nemzetközi genomikai kutatások diagnosztikai,
prognosztikai eredményeit.
Az említett
kapcsolatrendszerrel az ABCD a genetikusok (különösen a farmakogenetikusok) számára
is hasznos klinikai kutatóbázissá válhat a személyre szabott gyógyítási, gyógyszerelési
technológia kidolgozásában (kialakításában).
Eredmények
A
széles körben hozzáférhetőség érdekében az ABCD informatikai rendszere teljesen
az Interneten alapul.
Az adatfolyam szempontjából
kezdeti és végpont az ArguScan Arrhythmia
Analyzer Center (A3), amely előállítja az Interneten "beküldendő",
illetve feldolgozza a "lekért" 24 órás EKG felvételeket. A 24 órás EKG felvételek
az A3-hoz kapcsolható Holter felvevőből, telemetriás rendszerből, őrző monitorból
származhatnak.
Az A3 az általános aritmia
analizátor szolgáltatáson kívül tartalmazza a Cardiometric
System (CS) modult, amellyel egyedi (saját) algoritmusokat lehet kidolgozni,
megjeleníteni, egyedi (saját) feladatnak megfelelően elsősorban kutatási céllal.
Az A3 az aritmia analízis során a lényeges
információkat nevesíti (annotálja), így "láthatóvá", kereshetővé teszi a 24-órás
EKG felvételekben.
Az A3 által "előkészített"
felvételeket négy szintű adatbázisban tároljuk az ABCD -ben. A strukturálás hatékonyabbá
teszi a keresést és kevesebb adatmozgatást igényel a feldolgozáskor. Az első szint
a páciens felvételkor kitöltött táblázat tartalma, azaz a mérés peremfeltételei
(a páciens adatai, betegségei, műtétei, gyógyszerelése, szenvedélyei, betegnapló,
...). A második szint a statisztikai táblázatok, 24 órás trendek. A harmadik szint
ütésről-ütésre az RR-távolság és a QRS-típusa ( Normal, PVC, SVPB, …). Negyedik
szint maga a teljes felvétel.
Az ABCD
rendszer web-es felületen biztosít hozzáférést a strukturált adatbázishoz. Hasonlóan
az A3-hoz web-es lekérdezés során itt is használhatjuk a CS (Cardiometric System)
algoritmusokat, így lehetőséget kapunk környezetfüggő ütésről-ütésre definiált
speciális aritmiák keresésére, amely a nagy adathalmazban történő szűkítéshez
elengedhetetlen.
Fontos megjegyeznünk,
hogy az ABCD kutatóbázisban tárolt információk anonimek, egy kutató orvos kizárólag
CSAK a saját betegeinek a felvételeit láthatja beazonosítva!
Az
ABCD-hez történő csatlakozás feltétele az A3 központ megfelelő opciókkal történő
beszerzése, melynek az un. LinkToA3 komponense gondoskodik az adatok illesztéséről.
Akik használják az ABCD-t, azok a felvételekben rejlő információt közösen gyűjtik,
illetve közösen használhatják.