Arrhythmia Bioinformatics Central Databank (ABCD)

Alapítók

  • BIK Kardiológiai Osztály: orvosi háttér, aritmia kutató központ,,
  • ArguScan Kft.: mérnöki háttér, kardiológiai műszer és aritmia analizátor fejlesztés,
  • Magyar Bioinformatikai Intézet Kft. : bioinformatikai háttér, adatbázis és web-felület fejlesztés,
  • Előzmény

    Jelentős kutató orvosi igény jelentkezett a statisztikai módszereken alapuló aritmia kutatások eszközei iránt. Ezen kutatások jelenleg speciális céllal gyűjtött (EMIAT, MPIP, ATRAMI, …) korlátozottan hozzáférhető adatbázisok feldolgozásán alapulnak.

    Az aritmiát érintő genomikai kutatások eredményi jelenleg csak külön bioinformatikai háttérrel érhetőek el.

    Célok

    Az ABCD alkotói szükségesnek ítélték létrehozni egy széles körben hozzáférhető, nem specifikus, 24 órás EKG felvételekből álló, folyamatosan bővülő adatbank létrehozását az aritmia kutatások lehetőségeinek kiszélesítésére, demokratizálására.

    Az ABCD központtal és a hozzá kapcsolódó eszközökkel komplex szolgáltatást (tanácsadás, archiválás, kutatási témacsoportok) kívánunk nyújtani a csatlakozó felhasználók részére.

    Annak érdekében, hogy az ABCD egy folyamatosan bővülő, nagy elemszámú, széles időintervallumot átfogó adatokat tartalmazó kutatási központ legyen, a felhasználókat érdekelté kívánjuk tenni a bővítéséhez szükséges gyűjtési funkcióban "adatot adatért" elv alapján.

    Az ABCD - az aritmia annotációk mellett - genomikai marker (Single Nucleotide Polymorphism - SNP) segítségével lehetőséget kíván adni a kutató kardiológusoknak, hogy a vizsgált aritmia esetekhez megkapják a kapcsolódó nemzetközi genomikai kutatások diagnosztikai, prognosztikai eredményeit.

    Az említett kapcsolatrendszerrel az ABCD a genetikusok (különösen a farmakogenetikusok) számára is hasznos klinikai kutatóbázissá válhat a személyre szabott gyógyítási, gyógyszerelési technológia kidolgozásában (kialakításában).

    Eredmények

    A széles körben hozzáférhetőség érdekében az ABCD informatikai rendszere teljesen az Interneten alapul.

    Az adatfolyam szempontjából kezdeti és végpont az ArguScan Arrhythmia Analyzer Center (A3), amely előállítja az Interneten "beküldendő", illetve feldolgozza a "lekért" 24 órás EKG felvételeket. A 24 órás EKG felvételek az A3-hoz kapcsolható Holter felvevőből, telemetriás rendszerből, őrző monitorból származhatnak.

    Az A3 az általános aritmia analizátor szolgáltatáson kívül tartalmazza a Cardiometric System (CS) modult, amellyel egyedi (saját) algoritmusokat lehet kidolgozni, megjeleníteni, egyedi (saját) feladatnak megfelelően elsősorban kutatási céllal.

    Az A3 az aritmia analízis során a lényeges információkat nevesíti (annotálja), így "láthatóvá", kereshetővé teszi a 24-órás EKG felvételekben.

    Az A3 által "előkészített" felvételeket négy szintű adatbázisban tároljuk az ABCD -ben. A strukturálás hatékonyabbá teszi a keresést és kevesebb adatmozgatást igényel a feldolgozáskor. Az első szint a páciens felvételkor kitöltött táblázat tartalma, azaz a mérés peremfeltételei (a páciens adatai, betegségei, műtétei, gyógyszerelése, szenvedélyei, betegnapló, ...). A második szint a statisztikai táblázatok, 24 órás trendek. A harmadik szint ütésről-ütésre az RR-távolság és a QRS-típusa ( Normal, PVC, SVPB, …). Negyedik szint maga a teljes felvétel.

    Az ABCD rendszer web-es felületen biztosít hozzáférést a strukturált adatbázishoz. Hasonlóan az A3-hoz web-es lekérdezés során itt is használhatjuk a CS (Cardiometric System) algoritmusokat, így lehetőséget kapunk környezetfüggő ütésről-ütésre definiált speciális aritmiák keresésére, amely a nagy adathalmazban történő szűkítéshez elengedhetetlen.

    Fontos megjegyeznünk, hogy az ABCD kutatóbázisban tárolt információk anonimek, egy kutató orvos kizárólag CSAK a saját betegeinek a felvételeit láthatja beazonosítva!

    Az ABCD-hez történő csatlakozás feltétele az A3 központ megfelelő opciókkal történő beszerzése, melynek az un. LinkToA3 komponense gondoskodik az adatok illesztéséről. Akik használják az ABCD-t, azok a felvételekben rejlő információt közösen gyűjtik, illetve közösen használhatják.